与总公司签订的合同由分公司进行施工的话需要看是什么内容的合同，以及分公司和总公司的关系是什么。如果是政府竞标工程的话，那么如果是总公司竞标成功是不能有分公司来进行施工的。如果是与私人企业进行签订的合作合同，并且总公司和分公司是属于同一个法人代表，那么就可以由分公司来进行履行合约。
一、与总公司签订合同由分公司施工合法吗?
我国营业执照的经营范围有两种，一种是需要行政许可的，包括前置行政许可和后置行政许可，前者需要先取得行政许可证再办理营业执照，在其经营范围中可以看到行政许可的内容;后者是先取得营业执照再办理行政许可证，在其经营范围中看不到行政许可的内容。经营范围表述为“依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动”。一种是不需要行政许可的，无经营范围限制。
虽然监事不是单位负责人，但对公司有一定影响力，所以当一家公司负责人和另一家公司的监事为同一人时，认定和处理串通投标需要依法有据，不能因为投标人的监事和另一投标人的负责人是同一人，就认定其串通投标。实践中的确有监事与负责人是同一人的情况，这时两家公司所作出的意思表示实际上是一个人作出的。但法律规定的公司的意思表示是以法定代表人(单位负责人)为准(《民法总则》第61条 代表法人从事民事活动的负责人，为法人的法定代表人)，如果仅凭监事与负责人为同一个人就认定两家公司串通，依据显然不充分。但采购人和代理机构发现此种情况，要对照认定串通投标的情形逐一审查投标文件，发现确凿证据后才能认定为串通投标。
分公司如果是不同于(总)公司的市场主体，那么(总)公司中标，分公司不可以以(总)公司的名义签订合同并履约，《政府采购法》第46条规定，政府采购合同是采购人与中标人签订的，不是采购人与中标人的分支机构签订的。合同履行过程中，也不能由分公司来履约。签订采购合同和履行采购合同的主体都是中标的(总)公司，不能是分公司。
《工程建设项目施工招标投标办法》第50条规定，投标文件有下列情形的，由评标委员会按废标处理：“……(一)无单位盖章并无法定代表人或法定代表人授权的代理人签字或盖章的……”，而分公司营业执照上只有负责人，那如果没有(总)公司授权，如何处理?
笔者认为：《工程建设项目施工招标投标办法》第50条对法定代表人的规定，是在默认投标人是法人的情况下做出的，没有考虑到投标人是分公司的这种情况。
由于建筑行业存在诸多的资格和资质管理，而取得这些资格和资质的前提是具有法人资格，因此相关规定要求“法定代表人”是有原因的。有营业执照的分公司依法取得相关资格和资质时，就有资格参加投标，此时分公司营业执照上记载的负责人的法律性质和地位与法人营业执照上的法定代表人完全相同。
采购实务中，建议在招标文件中的“法定代表人”之后加上“(负责人)”的字样，以明确表示分公司负责人的签字亦具有法律效力，同时也防止评标委员会以分公司无法定代表人为由否决其投标。
《政府采购法实施条例》释义中特别列举说明保险公司的分公司可以投标，那是不是其他情况的分公司不允许投标在政府采购活动中区别对待分公司是没有法律依据的，也是不公平的。
常理来说，同样取得营业执照的分公司，同样取得依法应当具有的行政许可，都可以合法经营，为什么有些分公司就可以参加政府采购，而有些就不允许参加政府采购呢?如果对分公司区别对待，笔者认为这违反了《政府采购法》倡导的公平竞争原则。
一般来说跟私人企业进行签约的话，如果分公司是隶属于总公司的一个分支机构，是可以有分公司来进行施工的。但是如果是跟政府部门签署的相关合同的话，一般是不允许分呢来进行施工的，因为签署合约的是总公司，并不是分支机构。
